20 Bakteri Paling Diteliti yang Terabaikan
These are the 20 most-studied bacteria — the majority have been ignored https://www.nature.com/articles/d41586-025-00038-x

Bakteri Staphylococcus menyebabkan banyak penyakit infeksi. Kredit: Steve Gschmeissner/SPL

Ilmuwan Paul Jensen dari Universitas Michigan ingin mengetahui apakah alat pemikiran buatan (AI) dapat menyinthesa penelitian tentang berbagai mikroorganisme. Ia mencari semua artikel relevan tentang spesies bakteri yang diperhatikan oleh laboratoriumnya, yaitu bakteri yang menyebabkan kerusakan gigi bernama Streptococcus sobrinus. Namun, ia sudah membaca semua artikel tersebut, sekitar beberapa puluh artikel.

Banyak ilmuwan mikrobiologi akan berada dalam posisi yang sama atau lebih buruk. Penelitian yang diterbitkan di server preprint bioRxiv beberapa minggu lalu menunjukkan bahwa hanya 10 spesies bakteri yang menyebabkan setengah dari semua publikasi, sedangkan sekitar tiga perempat dari semua bakteri yang diberi nama tidak memiliki satu pun artikel yang disebutkan dalam judul atau ringkasan.

"Kami telah belajar banyak tentang beberapa spesies," kata Jensen. "Tapi untuk banyak bakteri, tidak ada sesuatu yang dapat dibaca oleh model bahasa atau AI." Mikroba yang penting untuk kesehatan manusia dan planet ini, kata para peneliti, sangat tidak terpelihara.

Ilmuwan mikrobiologi biasanya mempelajari mikroba model, yaitu harapan bahwa pengetahuan yang diperoleh dari mikroba yang baik di laboratorium dapat relevan dengan mikroba lainnya. Dalam banyak kasus, ini benar: dasar molecular biologi dibangun dari eksperimen pada E. coli. Namun, ketika ilmuwan memperluas katalog kehidupan mikroba dengan setiap swab kulit, kotoran, atau sampel tanah yang dianalisis, kemungkinan untuk menemukan pengetahuan baru dan tidak biasa semakin besar.

Sumber: Ref. 1

Untuk mengukur kebiasaan mikrobiologi terhadap beberapa spesies model, Jensen mengunjungi database 43.409 spesies bakteri unik dan menghitung jumlah artikel yang terdaftar di PubMed - sebuah arsip literatur biomedis yang dijalankan oleh pemerintah Amerika Serikat - yang menyebutkan setiap spesies dalam judul atau ringkasan.

Tidak terkejut, E. coli menjadi spesies dengan lebih dari 312.000 publikasi, 21% dari total. Sisa dari top 10 terdiri utamanya dari patogen manusia, seperti Staphylococcus aureus, Mycobacterium tuberculosis, dan Helicobacter pylori, bakteri perut yang dapat menyebabkan luka dan bahkan kanker (lihat "Bakteri yang paling banyak dipelajari").

Namun, 74% dari spesies bakteri tidak disebutkan dalam judul atau ringkasan artikel yang terdaftar ( "Mikroba yang terlupakan"). Dan lebar celah antara mikroba yang dikenal dan dipelajari semakin besar dalam 25 tahun terakhir, karena bagian dari studi mikrobiome yang mengidentifikasi mikroba secara bersamaan.

Mikroba yang tidak terpelihara

Ilmuwan mikrobiologi Nicola Segata dari Universitas Trento di Italia sangat kecewa dengan hasil penelitian ini - tapi tidak terkejut. Dengan satu atau dua kecuali, mikroba yang banyak dijumpai dalam mikrobiome sehat manusia tidak masuk dalam daftar 50 bakteri yang paling banyak dipelajari. Dan banyak organisme yang penting untuk kesehatan manusia yang tidak pernah dikenal, bahkan tidak pernah dipelajari.

"Mikroba ini masih memiliki jarak yang jauh sebelum mereka akan dipelajari pada tingkat yang mereka seharusnya," kata Segata.

Mikroba yang ditemukan dalam ekosistem yang beragam, seperti di lautan dan tanah, juga sangat tidak terpelihara, kata ilmuwan mikrologi Brett Baker dari Universitas Texas di Austin. "Tidak ada dari organisme dominan di alam ini yang ada di daftar ini," kata dia. "Ini adalah masalah."